本所承建的农业部食品质量监督检验测试中心（湛江）（简称“中心”）于1993年7月首次通过国家计量认证和农业部机构审查认可， 经农业部授权承担华南地区的食品质量监督检验业务。其后，分别于1998年10月和2003年12月两次通过了五年期的“双认证”复查评审，对外开展检测工作得到迅速发展。

该“中心”被中国绿色食品发展中心指定为绿色食品定点监测中心，被农业部农产品质量安全中心指定为无公害农产品定点检测机构，承担广东、广西、海南、福建和江西等省（区）绿色食品和无公害农产品质量检测及绿色食品和无公害农产品生产基地环境质量监测与评价。

“中心”配备现代先进、精确可靠、种类较齐全的分析测试仪器设备，并有一支分析测试技术良好的科技队伍，为二十一类食品和农产品的质量检测和卫生检测提供服务，以及进行农业生态环境质量监测与评价。